從事貨物運輸的代開票納稅人，繳納營業稅3%，城建稅0.21%（3%*7%），教育費附加0.09%（3%*3%），個人所得稅3.3%（現在已經改為2.5%）合計6.6%（現在改為5.8%）。這是從事貨物運輸業務代開票納稅人繳納稅款的綜合稅率。
而取得貨物運輸發票的增值稅一般納稅人，貨物運輸費用的扣除率為7%是根據《中華人民共和國增值稅暫行條例》第八條第（四）項規定的，本條規定：購進或者銷售貨物以及在生產經營過程中支付運輸費用的，按照運輸費用結算單據上注明的運輸費用金額和7%的扣除率計算的進項稅額。進項稅額計算公式：
進項稅額=運輸費用金額×扣除率
因此，對于一般納稅人的運輸費用按照7%的扣除率計算的進項稅額 。
根據國稅函[2009]617號文件精神(國家稅務總局關于調整增值稅扣稅憑證抵扣期限有關問題的通知), 增值稅一般納稅人取得2010年1月1日以后開具的增值稅專用發票、公路內河貨物運輸業統一發票和機動車銷售統一發票，必須自開具之日起180日內到稅務機關辦理認證，并在認證通過的次月申報期內，向主管稅務機關申報抵扣進項稅額。增值稅一般納稅人取得2009年12月31日以前開具的增值稅扣稅憑證，必須自開具之日起90日內到稅務機關辦理認證。
具體計算方法：
運費的稅率7%，設應付運費100元。前提條件，一般納稅人
分錄，借：庫存商品（原材料等） 93
應交稅金（應交稅費）---應交增值稅（進項稅額）7=100*7%
貸：應付賬款---**公司 100 |
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